Exacto. o problema com os sistemas de 6 volts é a queda de tensão. As baterias em paralelo duplicam-te a intensidade da corrente disponível, mas a tensão mantem-se.
Qnto muito o q se poderia fazer era meter duas baterias em serie (perfazendo 12 volts de tensão) e assim tinhas duas tensões disponíveis: os sistemas que funcionam a 6 volts ligas só à primeira bateria, os que queres meter a funcionar a 12 volts, ligas ao circuito de serie de ambas.
Mas sinceramente.. ao preço q estão as baterias de 6 volts... eu no teu caso faria a conversão.